Nas cores vermelho e branco, o clube foi fundado no dia 1º de fevereiro de 1932, na cidade de Mogi Mirim, interior do estado de São Paulo. Iniciou disputando competições de futebol amador e, em 1933, em seu primeiro ano de existência sagrou-se o campeão do interior de São Paulo.
Por sua mascote ser um sapo e a Estrada de Ferro Mogiana cortar a cidade, ganhou o apelido de Sapão da Mogiana. Profissionalizou-se em 1954 e, no mesmo ano, estreou na recém-criada Terceira Divisão do Campeonato Paulista, atual A-3. Disputou a competição até 1958.
Depois de 10 anos de recesso (1959 a 1969) retornou ao futebol profissional disputando a Segunda Divisão do Campeonato Paulista de 1970, atual A-3, divisão que disputou até 1976 quando foi rebaixado. De 1978 e 1981, disputou a Terceira Divisão.
A mudança radical na história do Sapão começou quando o empresário e esportista Wilson Fernandes de Barros assumiu a presidência em 1981, trazendo a reestruturação necessária ao clube. Já em 1982 o time subiu para Segunda Divisão e, em 1985, conquistou o título e subiu pela primeira vez a Primeira Divisão do Campeonato Paulista, atual A-1.
Com o passar dos anos, o clube se firmou no estado de São Paulo e chegou ao seu auge em 1992, quando o técnico Oswaldo Alvarez, o Vadão, implantou o chamado “Carrossel Caipira” com um time liderado por Rivaldo, Leto e Válber. Naquela época o Sapão era considerado o time do interior mais difícil de ser batido.
Depois de perder grande parte dos jogadores revelados aos grandes clubes, em 1994 caiu para recém-criada Série A-2 do Campeonato Paulista. No ano seguinte, conquistou o título da divisão e subiu novamente para Série A-1. Desde então, o Mogi fez campanhas intermediárias no Paulistão.
Como vice-campeão da Série C do Brasileiro de 2001 conquistou acesso à Série B, competição que disputou de 2002 a 2004, quando foi rebaixado.
Em 2006 foi rebaixado novamente para a Série A-2 do Campeonato Paulista. Dois anos depois, 2008, conquistou acesso novamente a Série A-1 do Paulista, mas nesse ano perdeu seu Homem Forte. Aos 63 anos falecia Wilson de Barros, que comandou o clube por 27 anos.
Revelado pelo Mogi Mirim em 1993, Rivaldo Vitor Borba Ferreira, o Rivaldo, meia-atacante pentacampeão mundial com a Seleção Brasileira em 2002, assumiu a presidência do clube no início de outubro de 2008.
No ano de 2012, conquistou o Campeonato Paulista do Interior e uma das vaga no Campeonato Brasileiro da Série D de 2012. Como terceiro colocado da Serie D conquistou o acesso para o Campeonato Brasileiro da Série C de 2013. Atualmente, o Mogi Mirim disputa a Série A-1 do Campeonato Paulista e a Série C do Campeonato Brasileiro.
Participações em Campeonato Paulista
Primeira Divisão - 1986 a 1995, 1995 a 2006, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013 e 2014.
Segunda Divisão - 1982, 1983, 1984, 1985, 1995, 2007 e 2008.
Terceira Divisão - 1954, 1955, 1957, 1958, 1970, 1971, 1972, 1973, 1974, 1975, 1976, 1980 e 1981.
Quarta Divisão - 1977
Participações em Campeonato Brasileiro
Série B - 1994, 1995, 1996, 1997, 2002, 2003 e 2004
Série C - 1990, 1993, 1998, 2001, 2005, 2013 e 2014
Série D - 2000, 2012
Fonte: Luiz Carlos Éden - Sorocaba (SP)
Uma História Guanabara. Rio de Janeiro RJ.
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